建设净化手术室，须注意控制二次微生物污染。二次微生物污染指的是空调处理装置中积累的细菌和灰尘，在合适的温度湿度条件下，产生了有害物质，而这些有害物质很大一部分是无法通过高效过滤器来过滤的，构成了微生物污染。
净化手术室中，空调处理装置在运行时会积累细菌和尘粒，在停运期间，高温高湿的环境和尘粒提供的营养为微生物的繁殖提供了最有利的条件。新繁殖的微生物及其释放出的有害气味气体和大量有害代谢物、尸体和碎片——这之中有很大一部分是高效过滤器不能阻挡的，于是就构成了微生物二次污染。
建设净化手术室时，便要注意到这个问题，流出足够的设备层，方便空调处理设备的清洁、保养、维护和更换。尤其需要注意的是，三级过滤器要形成递进层级的保护关系，初效过滤器要对中效过滤器起到保护作用，而中效过滤器又要对亚高效及高效过滤器起到保护作用。
及时的清洁、维护过滤器，可以有效的避免二次微生物污染。医院应有完善的定期清洁、维护的管理制度，并且要做静态和动态监测，严密监控空调处理设备的效果，分析净化手术室内微生物和尘粒的来源，针对性的提升净化效率。
建设净化手术室，不能把“二次污染”和“二次微生物污染”混淆。“二次污染”是因为送回风管道质量不好造成，比如密封措施不到位、所采用的材料是易于发尘、散尘的。相较之下，人们往往对“二次污染”比较重视，而忽略了“二次微生物污染”。
建设净化手术室，是一项系统性强、技术含量高的工程，每一个细节都要做到位，才能保障净化手术室的高水平，尤其是层流手术室净化。润德净化位于泉城济南，持有国家空气净化工程二级专业资质，荣获ISO环境管理体系认证、ISO质量管理体系认证，实力雄厚，经验丰富，是建设净化手术室的实力之选。